تجزیه و تحلیل انتخاب گروهی V501.V2 SARS-CoV-2 در آفریقای جنوبی
COVID19 DRUGMED.IR 25
شواهدی از تنوع انتخاب مثبت وجود دارد که در توالی V501.V2 عمل می کند ، هم درسطح کل ژن (P = 0.0500 BUSTED) و هم در 10 منطقه کدون مشخص (یعنی از 165منطقه پلی مرفیک اسید آمینه ) در امتداد شاخه های داخلی آنها. گروه 501.V2. این سایت ها شامل کلیه سایت های توصیف کننده کلاس (S18 ، S80 ، S215 ، S246 ، S417 ، S484 ، S501 ، S701) و همچنین سایت های S5 ، S242 می باشد. S5 و S18 شواهدی از فشار انتخابی را در تجزیه و تحلیل انتخاب جهانی SARS-CoV-2 قبل از نوامبر 2020 نشان داده اند. که در همه سایت های دیگر این ویروس اخیراً ظاهر شده اند.
قدرت انتخاب در V501.V2 در مقایسه با 441 توالی مرجع در امتداد شاخه های داخلی درخت فیلوژنیکش، در حالی که پنج منطقه مجزا در امتداد شاخه های داخلی گروه اختلافات آماری معنی داری را نشان می دهد.
در هر صورت ، انتخاب در V501.V2 شدیدتر است. این شامل سه سایت شناسایی شده از گروه (S18 ، S215 ، S417) و همچنین S242 و S1182 است. این سایت ها سایت های سازگار بالقوه مخصوص گروه هایی هستند که در سایر جدایه های SARS-CoV-2 دیده نمی شوند (یا تراکم کمتر). یک آزمایش سطح ژن (RELAX p-value 0.0111) نشان داد که انتخاب در V501.V2 نسبت به شاخه های نام برده شده متمرکز شده است.
ده میدان در کل درخت شواهدی از انتخاب جهت را نشان داد. این تجزیه و تحلیل می تواند تست های انتخاب را متنوع کند تا انتخابی را که ممکن است نادیده گرفته شود مشخص کند (به عنوان مثال تعویض به دنبال تثبیت).
مقبول است که جهش های سازگار در ژن و سطح / پاکت ، همانطور که در سایر ویروس های در حال رشد سریع (HIV 3 ، IAV 1) مشاهده شده است ، ممکن است هزینه های تناسب اندام را همراه داشته باشد که پس از آن با جهش های ثانویه در جای دیگر ژن جبران می شود. انتظار می رود کدون هایی که جهش های سازشی در آنها اتفاق می افتد و کدون هایی که جهش های جبرانی مرتبط با آنها اتفاق می افتد ، با هم ایجاد شوند. با استفاده از چنین جفت کدون های مشترک در حال تکامل را با استفاده از روش Bayesian Graphic Model 3 شناسایی کردیم و در نتیجه شبکه ای از روابط وابسته مشروط بین سایت ها ایجاد کردیم. این نشان داد که جفت (کدون های 215 و 417) با مناطقی از کدون ژن اسپایک با شواهدی از تکامل در گروه V501.V2. از آنجا که در این تست فقط تعداد کمی از شاخه ها را در نظر می گیریم ، بنابراین قدرت انتخاب لزوماً محدود است. هر دوی این دامنه ها تحت انتخاب مثبت متنوع شده توسط S215 به طور قابل تشخیص تکامل می یابند ، همچنین شواهدی از انتخاب جهت دار را نشان می دهد که از تغییرات بار اسید آمینه پشتیبانی می کند.
https://virological.org/t/a-preliminary-selection-analysis-of-the-south-african-v501-v2-sars-cov-2-clade/573
دکتر امیر حراجی رزیدنت جراح مغزواعصاب(علوم پزشکی تهران)
t.me/pharmamedicall
