به‌عنوان یک پدیده طبیعی، جهش می‌تواند در هر قسمتی از ژنوم ویروس‌ها رخ دهد. این جهش‌ها به‌خصوص در ویروس‌هایی که ماده ژنتیکی آنها از نوع RNA است، بیشتر رخ می‌دهند و علت آن این است که آنزیم‌های RNAپلیمرازی که همانندسازی ژنوم این نوع از ویروس‌ها را برعهده دارند، برخلاف آنزیم‌های DNA پلیمراز، فاقد فعالیت ویرایش یا Proofreadingاند.
ویرایش یعنی اگر حین همانندسازی یک نوکلئوتید غلط در مقابل الگو قرار گرفت (مثلا A در مقابل C)، آنزیم پلیمراز آن را متوجه شود و این خطا را تصحیح کند. از اینرو آنزیم‌های RNA پلیمراز ویرو های مختلف، از هر ۱۰۰۰ تا ۱۰۰۰۰ نوکلئوتیدی که همانندسازی می‌کنند یک نوکلئوتید را اشتباه جایگزین می‌کنند و این مبنای جهش می‌شود.
از قضا جالب است بدانیم که خانواده کروناویریده از معدود خانواده‌ها در میان ویروس‌های RNAدار است که ویروس‌های آن دارای یک پروتئین‌اند که خصلت proofreading دارد و بدین جهت، نسبت به سایر ویروس‌های RNAدار (همچون انفلوانزا)، جهش در کرونا ویروس‌ها به میزان کمتری رخ می‌دهد (اگرچه در آنها نیز رخ می‌دهد).
تا اینجا نتیجه می‌گیریم که امکان رخ داد جهش بطور تصادفی در همه‌جای ژنوم ویروس وجود دارد.
با این وجود یک نکته مهم را باید مطرح نمود و آن این است که علی‌رغم رخداد خود جهش در همه‌جا، نهایتا نمود جهش در برخی از نواحی ژنومی ویروس‌ها بیشتر است. به بیان دیگر، هنگام بررسی ژنوم ویروس خاصی می‌بینیم که در برخی نواحی جهش زیاد وجود دارد و برخی نواحی دیگر حفاظت شده‌تر هستند.
از سوی دیگر برخی از ویروس‌ها علی‌رغم اینکه RNA دار‌اند ولی تغییرات ژنومی بسیار کمی نشان می‌دهند و تنها یک سروتایپ دارند (اگرچه با واریانت‌های مختلف). مثال بارز آنها سرخک، اوریون، hMPV و بسیاری از ویروس‌های خانواده پارامیکسو ویریده است.
پس اگر جهش رویدادی تصادفی و ناشی از خطا پلیمراز است، چرا چنین پدیده ای رخ می‌دهد؟
جواب این است که: درست است که جهش در همه‌جا رخ می‌دهد، ولی جهش‌ها در هرجایی تحمل نمی‌شوند. گاهی ساختمان پروتئینی که در ژن آن جهش رخ داده آنقدر اهمیت دارد که با وجود جهش، آن ساختمان به‌هم می‌ریزد و “جهش یافته” بقا پیدا نمی‌کند. این پدیده همان “انتخاب طبیعی” یا Natural selection است. در ویروسی مثل سرخک وجود تک تک آمینو‌اسیدهای اکثر پروتیین‌ها آنچنان اهمیت دارد که در صورت جهش، جهش‌یافته حذف می‌شود.
در برخی از ویروس‌های دیگر در ژن یک پروتئین یا قسمتی از یک پروتئین جهش تحمل می‌شود ولی در قسمتی دیگر نه و حذف ویروس رخ می‌دهد. اگرچه گاهی جهش در نواحی کم اهمیت رخ می‌دهد که به این نوع جهش Remote Region Mutation گویند و این جهش‌ها معمولا نه نفعی دارند و نه ضرری و می‌توانند باقی بمانند.
پس از مطالب فوق به این نتیجه می‌رسیم که در ویروس‌های اطراف ما و یا حتی بدن یک فرد، جهش در قسمت‌های مختلف ژنوم ویروس در حال رخ دادن است، ولی این خوش‌شانسی ما است که اکثر این جهش‌ها به‌ضرر ویروس‌اند و منجر به عدم بقا جهش‌یافته می‌شوند و یا دست کم برتری‌ای به ویروس نمی‌دهند که به‌خوبی حفظ شوند.
اما گاهی متاسفانه مسیر انتخاب طبیعی موجبات برتری را برای جهش‌یافته فراهم می‌کند و آن جهش بقا می‌یابد و ویروسی با برتری‌های جدید مستقر می‌شود.
در نهایت باید عنوان نمود که برخی از جهش‌های مفید برای ویروس روی انتقال بهتر تاثیر دارند، برخی روی بیماری‌زایی بیشتر و برخی در گریز از سیستم ایمنی میزبان و معمولا هر سه فضیلت برای آن هم‌زمان نمی‌گردد.